Gonny van der Maten werd geboren in Amsterdam. In deze stad studeerde zij orgel aan het Sweelinck Conservatorium bij Albert de Klerk. In 1983, nog tijdens haar studie, won zij de eerste prijs bij het Internationaal Albert Schweitzer-concours te Deventer. In 1984 behaalde zij cum laude het diploma Uitvoerend Musicus en in 1985 het Diploma Kerkmuziek. Ook studeerde zij twee jaar improvisatie bij Bert Matter. Zij volgde vele specialisatiecursussen in Italië, Spanje, Duitsland en Nederland.
In haar uitvoeringspraktijk probeert zij het instrument orgel uit zijn geïsoleerde plaats in de muziekwereld te halen. Zo combineert zij orgelmuziek met andere kunstvormen, zoals poëzie, toneel en dans. Zij maakte een dansvoorstelling rond het thema water, programma’s over De Kleine Prins van Antoine de Saint-Exupéry, gedichten van Paul van Ostaijen, poëzie rond de vier jaargetijden (met Lieuwe Visser), muziek en teksten van Hildegard von Bingen en een programma (getiteld Vox Humana) met stemkunstenaar Jaap Blonk. Van deze concertvoorstellingen zijn ook radioregistraties uitgezonden.
Naast haar werk als uitvoerend musicus componeert Gonny van der Maten ook muziek voor diverse instrumentcombinaties.
