Kees van Houten werd in 1940 geboren te Helmond. Na een gymnasiumopleiding studeerde hij aan het Brabants Conservatorium te Tilburg de hoofdvakken piano en orgel bij respectievelijk Paul Niessing en Hub Houet. In 1963 behaalde hij de onderwijsakte B piano en in 1965 het solodiploma orgel. Hij won prijzen bij improvisatie-concoursen te Bolsward en St. Albans (Engeland).
Sinds 1957 is Kees van Houten organist van de St. Lambertuskerk te Helmond, waar hij het historische Robustelly-orgel uit 1772 bespeelt. Van 1971 tot 1992 was hij hoofdvakdocent orgel aan de Hogeschool voor de Kunsten, Faculteit Muziek, te Utrecht. Samen met Marinus Kasbergen maakte Kees van Houten vanaf 1972 een diepgaande studie van de getallensymboliek in de muziek van J.S. Bach. Deze studie resulteerde in het boek “Bach en het getal” (1985) en “Bach, die Kunst der Fuge en het getal” (1989) (beiden in 1991 vertaald in het Frans).
Vervolgens publiceerde hij in de serie “Van Taal tot Klank” muziek-psychologische beschouwingen over belangrijke koraalbewerkingen voor orgel van Bach: Achtereenvolgens het Orgel-Büchlein (1992), het “Dritter Theil der Clavier Übung” (1997) en de Leipziger Orgelkoralen (1997). Deze uitgaven werden gecompleteerd met CD-opnamen van deze werken op het Robustelly-orgel te Helmond.
In dezelfde serie verscheen in 1998 het boek “Ich kenne des Menschen nicht”, over de Kruisvorm in Bach’s Matthäus-Passion (in 2000 vertaald in het Duits), in 2002 het boek “….propter magnam gloriam tuam” over Bachs Hohe Messe, en in 2006 het boek “De Universele Bach, voor kenner en liefhebber”. In september 2010 zal een nieuw boek verschijnen onder de titel “Tönet, ihr Pauken! Erschallet, Trompeten!” over het openingskoor van het Weihnachts-Oratorium van Bach.
Daarnaast geeft hij zowel voor vakmensen als voor amateurs en leken lezingen, workshops en interpretatiecursussen in Nederland en daarbuiten, met name over de muziek van Bach en heel speciaal over onderwerpen als Ars Retorica (relatie tekst – muziek) en het eeuwenoude Pythagoreïsche en Middeleeuwse drieluik Muziek – Getallenleer (Arithmetica) – Kosmologie.